Por que o arquivo exportado mostra duas mensagens do agente para a mesma pergunta?

Porque o histórico guarda também os registros internos do agente — e só uma das mensagens foi de fato enviada ao usuário.

Quando o agente precisa mudar de estado antes de responder (por exemplo, para consultar um documento e basear a resposta no procedimento oficial), essa decisão gera uma primeira mensagem que fica retida: ela é gravada no histórico, mas não é enviada. Em seguida o agente elabora a resposta definitiva, já com a informação consultada — essa é a única que o usuário recebe.

No CSV, você distingue as duas pela coluna tipo: a mensagem retida vem marcada como interna (não enviada ao usuário); a resposta que o usuário viu vem sem marca. Ou seja, não são duas respostas alternativas nem um envio duplicado — é o registro do passo interno seguido da resposta real.