Por que a execução processou menos linhas do que o arquivo tem?

Isso normalmente acontece quando o fluxo está com o corte incremental ligado (a opção "Processar apenas dados novos"). Com ela ativa, o fluxo lembra até onde já processou e ignora as linhas que já foram analisadas em execuções anteriores — então ele processa só o que é novo, e não o arquivo inteiro de novo.

Não é erro: é o comportamento esperado para planilhas que crescem ao longo do tempo (vendas, logs), evitando reprocessar e gastar créditos à toa. Se você quer que o fluxo processe tudo de novo, desligue esse modo na edição do fluxo ou ajuste o ponto de corte.