Posso configurar o mesmo agente de formas diferentes em fluxos diferentes?

Sim. Cada passo de fluxo tem configurações independentes. O mesmo agente pode, por exemplo, ter aprovação humana obrigatória em um fluxo e não ter em outro, usar um modelo em um passo e outro modelo em outro, ou receber contextos diferentes conforme o fluxo.

Isso é possível porque as Configurações do passo pertencem ao passo (àquele uso do agente no fluxo), não ao agente em si. Já o prompt do agente, que vive no estúdio, é compartilhado — se você quer instruções realmente diferentes, aí sim convém agentes separados.